Brak związku pomiędzy pochodzącą od człowieka neandertalskiego transwersją g.50318299T>G genu HYAL2 a predyspozycją do bliznowca
DOI:
https://doi.org/10.21164/pomjlifesci.282Słowa kluczowe:
Homo neanderthalensis, polimorfizm genetyczny, hialuronidaza, bliznowiecAbstrakt
Wstęp: Pochodzący od Homo neanderthalensis DNA stanowi ok. 1–4% genomu w populacjach euroazjatyckich. Markerem rozpowszechnionego u mieszkańców Azji Wschodniej neandertalskiego introgresywnego haplotypu na chromosomie 3p21.31 jest transwersja g.50318299T>G (c.1252A>C, rs35455589) genu HYAL2 kodującego hialuronidazę typu 2. Transwersja HYAL2 jest ściśle sprzężona z polimorfizmem rs11130248 (g.50314769A>G) predysponującym do bliznowca w populacji Japończyków. Stąd też rodzą się pytania, czy transwersja g.50318299T>G HYAL2 występuje również u współczesnych Polaków i czy predysponuje do bliznowca w naszej populacji.
Materiały i metody: Identyfikację transwersji g.50318299T>G HYAL2 przeprowadzono metodą sekwencjonowania w próbkach genomowego DNA wyizolowanego z krwi pępowinowej 200 zdrowych donoszonych noworodków i z krwi obwodowej 62 dorosłych osób z rozpoznaniem bliznowca.
Wyniki: W grupie noworodków stwierdzono 2 heterozygoty TG (1%) i 198 homozygot typu dzikiego TT (99%). W grupie osób dorosłych z keloidem stwierdzono jedynie homozygoty TT. Rozkład genotypów HYAL2 był zgodny z przewidywaną równowagą Hardy’ego–Weinberga.
Wnioski: Pochodząca od człowieka neandertalskiego transwersja g.50318299T>G (rs35455589) genu HYAL2, rzadko obecna w genomie współczesnych Polaków, nie jest związana z predyspozycją do bliznowca w tej populacji.
Bibliografia
Green RE, Krause J, Briggs AW, Maricic T, Stenzel U, Kircher M, et al. A draft sequence of the Neandertal genome. Science 2010;328(5979):710-22. doi: 10.1126/science.1188021.
Yotova V, Lefebvre JF, Moreau C, Gbeha E, Hovhannesyan K, Bourgeois S, et al. An X-linked haplotype of Neandertal origin is present among all Non-African populations. Mol Biol Evol 2011;28(7):1957-62. doi: 10.1093/molbev/msr024.
Vernot B, Akey JM. Resurrecting surviving Neandertal lineages from modern human genomes. Science 2014;343(6174):1017-21. doi: 10.1126/science.1245938.
Sankararaman S, Mallick S, Dannemann M, Prüfer K, Kelso J, Pääbo S, et al. The genomic landscapes of Neanderthal ancestry in present-day humans. Nature 2014;507(7492):354-7. doi: 10.1038/nature12961.
Abi-Rached L, Jobin MJ, Kulkarni S, McWhinnie A, Dalva K, Gragert L, et al. The shaping of modern human immune systems by multiregional admixture with archaic humans. Science 2011;334(6052):89-94. doi: 10.1126/science.1209202.
Mendez FL, Watkins JC, Hammer MF. A haplotype at STAT2 introgressed from Neanderthals and serves as a candidate of positive selection in Papua New Guinea. Am J Hum Genet 2012;91(2):265-74. doi: 10.1016/j.ajhg.2012.06.015.
Mendez FL, Watkins JC, Hammer MF. Neandertal origin of genetic variation at the cluster of OAS immunity genes. Mol Biol Evol 2013;30(4):798-801. doi: 10.1093/molbev/mst004.
Gittelman RM, Schraiber JG, Vernot B, Mikacenic C, Wurfel MM,Akey JM. Archaic hominin admixture facilitated adaptation to Out-of-Africa environments. Curr Biol 2016;26(24):3375-82. doi: 10.1016/j.cub.2016.10.041.
Simonti CN, Vernot B, Bastarache L, Bottinger E, Carrell DS, Chisholm RL, et al. The phenotypic legacy of admixture between modern humans and Neandertals. Science 2016;351(6274):737-41. doi: 10.1126/science.aad2149.
Ding Q, Hu Y, Xu S, Wang J, Jin L. Neanderthal introgression at chromosome 3p21.31 was under positive natural selection in East Asians. Mol Biol Evol 2013;31(3):683-95. doi: 10.1093/molbev/mst260.
Nakashima M, Chung S, Takahashi A, Kamatani N, Kawaguchi T, Tsunoda T, et al. A genome-wide association study identifies four susceptibility loci for keloid in the Japanese population. Nat Genet 2010;42(9):786-72. doi: 10.1038/ng.645.
Pastuszak-Gabinowska M, Peregud-Pogorzelski J, Łuksza K, Sznelewski P, Brodkiewicz A. Some aspects of molecular bases of keloid formation. Ann Acad Med Stetin 2011;57(2):10-17.
Bińczak-Kuleta A, Rubik J, Litwin M, Ryder M, Lewandowska K, Taryma-Leśniak O, et al. Retrospective mutational analysis of NPHS1, NPHS2, WT1 and LAMB2 in children with steroid-resistant focal segmental glomerulosclerosis – a single-centre experience. Bosn J Basic Med Sci 2014;14(2):89-93.
Jakkula E, Rehnström K, Varilo T, Pietiläinen OP, Paunio T, Pedersen NL, et al. The genome-wide patterns of variation expose significant substructure in a founder population. Am J Hum Genet 2008;83(6):787-94. doi: 10.1016/j.ajhg.2008.11.005.
Lao O, Lu TT, Nothnagel M, Junge O, Freitag-Wolf S, Caliebe A, et al. Correlation between genetic and geographic structure in Europe. Curr Biol 2008;18(16):1241-48. doi: 10.1016/j.cub.2008.07.049.
